జర్నల్ ఆఫ్ వెటర్నరీ సైన్స్ & మెడికల్ డయాగ్నోసిస్

బ్రాయిలర్లలో రియల్ టైమ్ RT-PCR మరియు S1 జీన్ సీక్వెన్సింగ్ ద్వారా ఇన్ఫెక్షియస్ బ్రోన్కైటిస్ వైరస్ జాతుల పరిశోధన

ఇంజిన్ ఆల్ప్ ఒనెన్ మరియు యాకుట్ ఓజ్గుర్

ఈ అధ్యయనంలో, రియల్ టైమ్ RT-PCR ద్వారా చికెన్ ట్రాచల్ స్వాబ్ నమూనాల నుండి ఇన్ఫెక్షియస్ బ్రోన్కైటిస్ వైరస్ (IBV)ని గుర్తించడం లక్ష్యంగా పెట్టుకుంది, ఇది వేగవంతమైన మరియు సున్నితమైన వైరస్ గుర్తింపు పద్ధతిగా నివేదించబడింది. IBV యొక్క S1 జన్యువు యొక్క హైపర్ వేరియబుల్ రీజియన్‌ల (HVRs) సీక్వెన్సింగ్ ద్వారా IBV యొక్క వివిధ రంగాలలో ఫైలోజెనెటిక్ సంబంధాలు మరియు విభిన్న జాతులు నిర్ణయించబడ్డాయి. శ్వాసకోశ సంకేతాలు ఉన్న 120 బ్రాయిలర్ కోళ్ల నుండి ట్రాచల్ స్వాబ్‌లు యాదృచ్ఛికంగా తీసుకోబడ్డాయి. SPF పిండం కోడి గుడ్ల యొక్క అల్లాంటోయిక్ ఫ్లూయిడ్స్ (AF)లోకి నమూనాలు టీకాలు వేయబడ్డాయి. RNA లను AF ద్వారా సంగ్రహించారు. RNAలు ss cDNAలకు అనువదించబడ్డాయి. రియల్ టైమ్ RT-PCR డబుల్ లేబుల్ చేయబడిన తక్మాన్ ప్రోబ్, IBV 5 GU391 మరియు IBV5 GL533 ప్రైమర్ జతలతో ప్రదర్శించబడింది. నిజ సమయ RT-PCR ద్వారా 120 (27.5 %) యొక్క 33 నమూనాలలో సానుకూల ఫలితాలు పొందబడ్డాయి. C2U మరియు Ag0723 ప్రైమర్‌లతో S1 జన్యు ప్రాంతంలో యాంప్లిఫికేషన్ HVRలు (హైపర్ వేరియబుల్ రీజియన్స్) కోసం సానుకూల నమూనాల నుండి cDNAలు ఉపయోగించబడ్డాయి. S1 5'mod మరియు CK2 ప్రైమర్‌ల ద్వారా కూడా నమూనాలు విస్తరించబడ్డాయి. RT-PCR ఉత్పత్తులు నేరుగా క్రమం చేయబడ్డాయి. సీక్వెన్సింగ్ ఫలితాలు NCBI యొక్క న్యూక్లియోటైడ్ డేటాబేస్‌తో పోల్చబడ్డాయి. సీక్వెన్సింగ్ ఫలితాలు 72-86 % చొప్పున జెన్ బ్యాంక్స్ డేటాబేస్‌లోని కొన్ని వేరియంట్ IBV స్ట్రెయిన్‌లకు సరిపోలాయి. మేము వేరియంట్ IBV జాతులను ఎదుర్కొంటున్నామని ఈ ఫలితాలు మద్దతు ఇస్తున్నాయి. అలాగే, మేము అమరికలో చాలా SNP ఉత్పరివర్తనాలను గమనించాము. ఈ అధ్యయనం ప్రకారం, పక్షులకు 27.5% చొప్పున IBV వేరియంట్ జాతులు సోకవచ్చు, అయినప్పటికీ అవి క్లాసిక్ టైప్ టీకా ద్వారా టీకాలు వేయబడ్డాయి. ఈ ఫలితాలు IBV యొక్క క్లాసికల్ వ్యాక్సిన్ జాతుల ద్వారా టీకా వేరియంట్ జాతులకు వ్యతిరేకంగా తగినంత క్రాస్ రక్షణను అందించలేవని నిరూపిస్తున్నాయి. అందువల్ల, టీకాలు వేసిన మందలలో వ్యాధి యొక్క వ్యాప్తి ఇప్పటికీ సంభవిస్తుంది. అలాగే, అన్ని IBV ఫీల్డ్ స్ట్రెయిన్‌లను క్రమం చేయడానికి మరియు వర్గీకరించడానికి ఈ ప్రైమర్‌లు సరిపోవని మేము కనుగొన్నాము. అందువల్ల, వేర్వేరు ప్రైమర్‌లను అభివృద్ధి చేయాలి మరియు రెండు కంటే ఎక్కువ ప్రైమర్ జతలను ఉపయోగించాలి. ఈ ప్రయోగంలో, SPF గుడ్డు AFలో IBV రెప్లికేషన్ కారణంగా స్వాబ్ నమూనాల కంటే AFలో వైరస్ లోడ్ ఎక్కువగా ఉందని మేము కనుగొన్నాము. మేము 14 రోజుల కోడి పిండాల వద్ద మరుగుజ్జు మరియు రక్తస్రావం గమనించాము