జర్నల్ ఆఫ్ క్లినికల్ & ఎక్స్‌పెరిమెంటల్ ఆంకాలజీ

జీన్ ఎక్స్‌ప్రెషన్ సబ్టైప్‌లు మరియు KRAS మ్యుటేషన్ స్థితిని ఉపయోగించి నిర్మించబడిన స్టేజ్ II/III కోలన్ క్యాన్సర్ ప్రోగ్నోస్టిక్ మోడల్

కెంగో గోటోహ్#, ఈజీ షింటో#, యుయిచిరో యోషిడా*, హిడెకి యునో,యోషికి కజివారా, మసాటో యమదేరా, కెన్ నగటా, హితోషి సుడా, జుంజీ యమమోటో మరియు కజువో హసే

లక్ష్యాలు: DNA మైక్రోఅరే డేటా ప్రకారం వర్గీకరించబడిన క్యాన్సర్ ఉపరకాలు అధిక ఖచ్చితత్వంతో రోగ నిరూపణను అంచనా వేస్తాయి. ఇక్కడ మేము క్లినికల్ ఉపయోగం కోసం కొత్త ప్రోగ్నోస్టిక్ మోడల్‌ను స్థాపించే లక్ష్యంతో తెలిసిన జీవసంబంధమైన విధులు కలిగిన జన్యువుల ఆధారంగా మాత్రమే కొత్త పెద్దప్రేగు క్యాన్సర్ (CC) సబ్టైప్ వర్గీకరణను రూపొందించాము.

పద్ధతులు: మేము పబ్లిక్ డేటాసెట్ (లెర్నింగ్ సెట్)లోని 73 ప్రైమరీ CC కేసుల కోసం డేటాను ఉపయోగించి ఎక్స్‌ప్రెషన్ కోరిలేషన్ విశ్లేషణ చేసాము, క్రోమోజోమ్‌లు 18 మరియు 20 మరియు స్ట్రోమల్-సంబంధిత జన్యువుల పొడవాటి చేతులపై ఉన్న జన్యువులపై దృష్టి సారిస్తాము. మేము మాడ్యూల్‌లలోని ప్రతి జన్యువు యొక్క ప్రాతినిధ్యాన్ని ఒకే మాడ్యూల్‌లో దగ్గరి పరస్పర సంబంధం ఉన్న వ్యక్తీకరణ స్థాయిలతో నిర్ణయించాము. KRAS, BRAF మరియు TP53లోని ఉత్పరివర్తనలు డైరెక్ట్ సీక్వెన్సింగ్ ఉపయోగించి అంచనా వేయబడ్డాయి. మైక్రోసాటిలైట్ అస్థిరత (MSI) బెథెస్డా రిఫరెన్స్ ప్యానెల్ ఉపయోగించి విశ్లేషించబడింది.

ఫలితాలు: లెర్నింగ్ సెట్‌లోని 55 జన్యువుల వ్యక్తీకరణ స్థాయిల ఆధారంగా CCని మూడు ఉప రకాలుగా ("స్ట్రోమల్", "క్రోమోజోమల్ అస్థిరత [CIN]-వంటి", "MSI-వంటి") వర్గీకరించాలనే ఉద్దేశ్యంతో మేము వివక్షత లేని నమూనాను రూపొందించాము. స్టేజ్ II/III పెద్దప్రేగు క్యాన్సర్ (n=258, టెస్ట్ సెట్) ఉన్న ఇతర రోగుల నుండి మైక్రోఅరే డేటాకు మేము ఈ ప్రిడిక్టర్‌ను వర్తింపజేసినప్పుడు, స్ట్రోమల్ సబ్టైప్ మరియు ఇతర సబ్టైప్‌ల మధ్య వ్యాధి రహిత మనుగడలో గణనీయమైన వ్యత్యాసాన్ని మేము కనుగొన్నాము (p=1.25e-03 ) దీని ప్రకారం, 55 జన్యువులు మరియు KRAS ఉత్పరివర్తనాల (p=1.56e-06) యొక్క వ్యక్తీకరణ స్థాయిల ప్రకారం రోగులను అధిక మరియు తక్కువ-ప్రమాద సమూహాలుగా వర్గీకరించడానికి మేము సమీకృత ప్రోగ్నోస్టిక్ మోడల్‌ను సృష్టించాము. రాడికల్ రెసెక్షన్ (n = 59, ధ్రువీకరణ సెట్) చేయించుకున్న దశ II/III పెద్దప్రేగు క్యాన్సర్ ఉన్న రోగుల నుండి స్వతంత్ర నమూనాల విశ్లేషణ మా మోడల్ (p = 4.75e-02) యొక్క ప్రోగ్నోస్టిక్ విలువను నిర్ధారించింది.

ముగింపు: మోడల్ జీవశాస్త్రపరంగా వివక్షతతో కూడిన వర్గీకరణను రూపొందించింది, ఇది MSI స్థితిని పునరావృతమయ్యే ప్రమాదంతో అనుబంధించింది, ఇది సహాయక చికిత్స కోసం స్టేజ్ II/ III CC ఉన్న రోగుల ఎంపికకు వైద్యపరంగా వర్తించవచ్చు.