బయోకెమిస్ట్రీ అండ్ ఫిజియాలజీ జర్నల్

మాస్ స్పెక్ట్రోమెట్రీ మరియు బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ ఉపయోగించి ప్రోటీమిక్స్‌లో సైట్-నిర్దిష్ట గ్లైకోసైలేషన్ యొక్క స్వయంచాలక గుర్తింపు

జోంగ్ షిన్ యో

ప్రొటీన్ గ్లైకోసైలేషన్, ప్రొటీన్‌లలో అత్యంత ప్రబలంగా ఉన్న పోస్ట్ ట్రాన్స్‌లేషన్ మాడిఫికేషన్‌లలో ఒకటి, సంశ్లేషణ, సెల్యులార్ గుర్తింపు ద్వారా సిగ్నలింగ్ మరియు అసాధారణ జీవ స్థితులకు ప్రతిస్పందన వంటి వివిధ ప్రక్రియల ద్వారా జీవ వ్యవస్థలలో ముఖ్యమైన పాత్రలను పోషిస్తుంది. అయినప్పటికీ, గ్లైకోప్రొటీన్ యొక్క సంక్లిష్టత మరియు వైవిధ్యత కారణంగా, ప్రస్తుత విశ్లేషణలు ప్రధానంగా గ్లైకోసైట్‌లు లేదా విడుదలైన గ్లైకాన్‌లను గుర్తించడంపై దృష్టి పెడతాయి. ఈ అధ్యయనంలో, మేము చెక్కుచెదరకుండా ఉన్న N-గ్లైకోపెప్టైడ్స్ విశ్లేషణ కోసం MS-ఆధారిత అధిక నిర్గమాంశ పద్ధతిని అభివృద్ధి చేసాము, ప్రోటీమిక్స్‌లో N-మరియు O-గ్లైకోసైలేషన్ యొక్క విశ్లేషణ కోసం GlycoProteomeAnalyzer (GPA) అని పేరు పెట్టారు, ఇది డేటాబేస్ శోధనతో టెన్డం మాస్ స్పెక్ట్రోమెట్రీ (MS)ని మిళితం చేస్తుంది మరియు అల్గోరిథమిక్ సూట్. ఫాల్స్ డిస్కవరీ రేట్ (FDR) గణనతో ప్రోటీన్ల యొక్క N- మరియు O-గ్లైకోసైలేషన్ యొక్క కాన్ఫిడెంట్ ఐడెంటిఫై కేషన్ కోసం మేము నవల స్కోరింగ్ అల్గారిథమ్‌లను సృష్టించాము. మా విధానంలో, యూనిప్రోట్ డేటాబేస్ నుండి అన్ని అమైనో యాసిడ్ సీక్వెన్స్ అలాగే గ్లైకోసైలేషన్ సైట్ సమాచారం పొందబడింది. మానవ ప్రోటీన్ యొక్క స్విస్-ప్రోట్ ప్రవేశ సంఖ్య నుండి, మా GPA ప్రోగ్రామ్ మానవ ప్లాస్మా నమూనాలోని ప్రోటీన్‌ల కోసం స్వయంచాలకంగా ట్రిప్టిక్ N- మరియు O-గ్లైకోపెప్టైడ్ డేటాబేస్‌ను నిర్మిస్తుంది. ఇది అంచనా వేసిన FDR ≤ 1%తో Uniprot నుండి GPA-DBతో HCD, CID మరియు ETD MS/MS స్పెక్ట్రాను ఉపయోగించి ప్రోటీన్ మిశ్రమాల యొక్క సైట్-నిర్దిష్ట c N- మరియు O-గ్లైకోపెప్టైడ్‌ల యొక్క ఆటోమేటిక్ గుర్తింపును అనుమతిస్తుంది. GPA గ్రాఫికల్ యూజర్ ఇంటర్‌ఫేస్‌తో హై-త్రూపుట్ గ్లైకోప్రొటోమిక్ డేటాను సులభంగా నిర్వహించడానికి రూపొందించబడింది మరియు వెబ్‌సైట్‌లో ప్రదర్శించబడింది (https://www.igpa.kr/). ఇది స్థానిక క్లస్టర్‌ల అవసరాన్ని తొలగిస్తుంది మరియు డేటా విశ్లేషణ యొక్క నిర్గమాంశను పెంచే క్లౌడ్ కంప్యూటింగ్ సేవతో కూడా అనుసంధానించబడుతుంది.