జర్నల్ ఆఫ్ ప్లాంట్ ఫిజియాలజీ & పాథాలజీ

ITS ప్రాంతాల క్రమం ఆధారంగా ఇన్ విట్రో అరటి శిలీంధ్రాల కలుషితాల గుర్తింపు మరియు ఫైలోజెనెటిక్ విశ్లేషణ

అనిమసౌన్, D. A

ప్లాంట్ టిష్యూ కల్చర్ పెద్ద మొత్తంలో వ్యాధి-రహిత మొక్కలను వేగంగా ఉత్పత్తి చేయడానికి ఒక మార్గాన్ని అందిస్తుంది, అయితే శిలీంధ్రాల కాలుష్యం దాని విజయవంతమైన అప్లికేషన్‌కు ప్రధాన అవరోధంగా ఉంది. ఈ అధ్యయనం ఇంటర్-స్పేస్ (ITS) ప్రాంతాల క్రమం ఆధారంగా ఇన్ విట్రో కల్చర్డ్ అరటిపండు యొక్క శిలీంధ్రాల కలుషితాలపై వర్గీకరించబడింది, గుర్తించబడింది మరియు ఫైలోజెనెటిక్ విశ్లేషణను నిర్వహించింది. శిలీంధ్రాల కలుషితాల యొక్క స్వచ్ఛమైన సంస్కృతి నుండి జన్యుసంబంధమైన DNA సంగ్రహించబడింది. ITS1 మరియు ITS4 ప్రైమర్‌లను ఉపయోగించి పాలిమరేస్ చైన్ రియాక్షన్ యాంప్లిఫికేషన్ మరియు ఇల్యూమినా షార్ట్ సీక్వెన్స్ నిర్వహించబడ్డాయి. న్యూక్లియోటైడ్ సీక్వెన్సులు ఏకాభిప్రాయం కోసం సమలేఖనం చేయబడ్డాయి మరియు ప్రాథమిక స్థానిక అమరిక శోధన సాధనం (BLAST) ఉపయోగించి NCBI జెన్‌బ్యాంక్‌తో పోల్చబడ్డాయి. అధిక సారూప్యత శ్రేణిలో MEGA 7 సాఫ్ట్‌వేర్‌ను ఉపయోగించి సీక్వెన్స్‌ల విశ్లేషణ ఐదు Aspergillus spp., మూడు పెన్సిలియం spp., 1 ప్రతి ఒక్కటి Fusarium, Trichoderma మరియు Cladosporium జాతులను కలుషితాలుగా గుర్తించింది. శిలీంధ్రాల జాతుల మధ్య మొత్తం జన్యు దూరం 0.205 మరియు న్యూక్లియోటైడ్ ప్రత్యామ్నాయం యొక్క గరిష్ట మిశ్రమ సంభావ్యత థియామిన్ అత్యంత స్థిరంగా ఉన్నట్లు చూపింది. శిలీంధ్రాలు 0.10 జన్యు దూరం వద్ద మూడు ప్రధాన సమూహాలలో సమూహం చేయబడ్డాయి, ఇవి ఐదు సమూహాలుగా విభజించబడ్డాయి. ఐదు ఆస్పెర్‌గిల్లస్ జాతుల క్లస్టర్ మరియు సబ్-క్లస్టర్; మూడు పెన్సిలియం జాతుల ప్రధాన సమూహం; ఫ్యూసేరియం క్లామిడోస్పోరమ్ మరియు ట్రైకోడెర్మా వైరైడ్‌లతో కూడిన క్లస్టర్; మరియు, ఒక ఏకైక శిలీంధ్రాలు క్లాడోస్పోరియం టెన్యుసిమమ్. ఆస్పెర్‌గిల్లస్ సమూహం A. ఫ్లేవస్ మరియు A. parrisclerotigenus లకు ఫైలోజెనెటిక్‌గా సంబంధం కలిగి ఉంది, గుర్తించబడిన పెన్సిలియం spp పెన్సిలియం సిట్రినమ్‌తో దగ్గరి సంబంధం కలిగి ఉంది, అయితే కనుగొనబడిన క్లాడోస్పోరియం క్లాడోస్పోరియం టెన్యూసియం మరియు ఫోమా మల్టీరోస్ట్రాటాతో సమలేఖనం చేయబడింది. శిలీంధ్రాల కలుషితాల పరమాణు గుర్తింపు సాంప్రదాయ పద్ధతుల యొక్క ఎదురుదెబ్బలను కవర్ చేస్తుందని మరియు ఇన్ విట్రో కల్చర్ ప్రక్రియలో కాలుష్యాన్ని తగ్గించడానికి నిర్దిష్ట మరియు ప్రభావవంతమైన స్టెరిలైజేషన్ ప్రోటోకాల్‌ను అభివృద్ధి చేయడంలో అందించిన సమాచారం సహాయపడుతుందని అధ్యయనం నిర్ధారించింది.