జర్నల్ ఆఫ్ అప్లైడ్ బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ & కంప్యూటేషనల్ బయాలజీ

సీక్వెన్స్ విశ్లేషణ

సీక్వెన్స్ అనాలిసిస్ అనేది జీవ పరిశోధన యొక్క ఒక రంగం, దీనిలో విలక్షణమైన జీవ రూపాల జన్యుపరమైన అంశాలు పరిశీలించబడతాయి. సీక్వెన్స్ అనాలిసిస్ సీక్వెన్స్ అలైన్‌మెంట్, DNA గ్రూపింగ్ మరియు ఇతర జెనోమిక్ స్ట్రక్చరల్ ల్యాండ్‌మార్క్‌లను కలిగి ఉండవచ్చు. మాన్యువల్ సీక్వెన్సింగ్‌లో, ప్రతిస్పందన నాలుగు ప్రత్యేకమైన ట్యూబ్‌లలో జరుగుతుంది, వీటిలో ప్రతి ఒక్కటి ప్రత్యామ్నాయ ddNTPని కలిగి ఉంటుంది. దీని ప్రకారం ddATPని కలిగి ఉన్న ట్యూబ్ అడెనోసిన్ (A) వద్ద ముగిసే విభాగాలను కలిగి ఉంటుంది, ddGTP ఉన్న ట్యూబ్ గ్వానైన్ (G) మరియు సెటెరాతో ముగిసే ముక్కలను కలిగి ఉంటుంది.

నాలుగు గొట్టాల నుండి వస్తువులు జెల్ యొక్క సమాంతర మార్గాల్లో నడుస్తూ ఉంటాయి. కుడివైపున ఉన్న బొమ్మ మాన్యువల్ సీక్వెన్సింగ్ యొక్క పరిణామాలను ప్రదర్శిస్తుంది. DNA సీక్వెన్సింగ్ ఫలితాలను ప్రిలిమినరీ రేడియోధార్మిక గుర్తుతో లేబుల్ చేసిన వాస్తవం వెలుగులో ఊహించవచ్చు. ఒక బిట్ X-బీమ్ ఫిల్మ్‌కి అందించిన సమయంలో, రేడియోధార్మికత చలనచిత్రం ఒక డల్ బ్యాండ్‌గా కనిపించింది. తరువాత వారసత్వం శాస్త్రవేత్త లేదా నిపుణుడిచే చిత్రం నుండి పరిశీలించబడుతుంది. వారసత్వ ఫలితాలు ఒక జెల్‌పై నాలుగు సమాంతర మార్గాలలో పేర్చబడి ఉంటాయి. ఈ ఉదాహరణలో, మొదటి మార్గం ddCTPని కలిగి ఉన్న ప్రతిస్పందన నుండి అంశాలను కలిగి ఉంటుంది.

ఈ పద్ధతిలో ఆ మార్గంలో కనిపించే ప్రతి బ్యాండ్ C వద్ద ముగిసే సీక్వెన్సింగ్ ఐటెమ్‌తో మాట్లాడుతుంది. జెల్ పరిమాణాన్ని పరిగణనలోకి తీసుకుని సీక్వెన్సింగ్ అంశాలను వేరు చేస్తుంది; చిన్న విభాగాలు జెల్ ద్వారా వేగంగా వెళతాయి, ఆపై ఎక్కువ ముక్కలు ఉంటాయి. నాలుగు మార్గాలు బేస్ (చిన్న) నుండి బీట్ (అతిపెద్ద) వరకు ఒక స్థాయి వారసత్వంలో కలిసి పరిశీలించబడతాయి. బ్లూ లైన్ గ్రూప్‌లను పరిశీలించాలనే అభ్యర్థనను అనుసరిస్తుంది మరియు విభాగం యొక్క వారసత్వం వైపు ప్రదర్శించబడుతుంది. మెకనైజ్డ్ సీక్వెన్సింగ్‌లో ప్రతిస్పందన ప్రాథమికంగా మాన్యువల్ సీక్వెన్సింగ్‌లో వలె ఉంటుంది.

రెండు ప్రాథమిక వైరుధ్యాలు ఉన్నాయి: మార్కింగ్ మరియు పరిశీలించడం. కంప్యూటరైజ్డ్ సీక్వెన్సింగ్‌లో, అంశాలు రేడియోధార్మిక పేరుతో కాకుండా ఫ్లోరోసెంట్ రంగుతో గుర్తించబడతాయి. నాలుగు ఫ్లోరోసెంట్ రంగులు ఉన్నాయి, ప్రతి ఒక్కటి ప్రత్యామ్నాయ ddNTPతో పోల్చబడుతుంది; ddATP ఆకుపచ్చ, ddTTP ఎరుపు, ddCTP నీలం మరియు ddGTP పసుపు. ఈ పద్ధతిలో ప్రతి విభాగం దాని ముగింపు ఆగంతుక వద్ద ఒక ప్రత్యామ్నాయ షేడింగ్‌ను కలిగి ఉంటుంది, దానిపై ముగింపు న్యూక్లియోటైడ్ (ddNTP) ఉంటుంది. ఇది సీక్వెన్సింగ్ యొక్క ఫలితాలను జెల్ యొక్క ఏకాంత మార్గంలో కొంతవరకు నాలుగు సమాంతర మార్గాలలో అమలు చేయడానికి అనుమతిస్తుంది.